Das Programm mit dem Namen SCENIC hilft dabei, die Zellregulation besser zu verstehen und die Hauptregulatoren zu finden, die Ziel von Arzneimitteltherapien werden könnten.

SCENIC ist ein Arbeitsablaufprogramm, geschrieben in in der Computersprache R, das den Zellstatus aus Einzelzellsequenzierungsdaten bestimmt und Genregulationsnetzwerke aufschlüsseln hilft. Es ermöglicht das systematische Studium der biologischen Veränderungen bedingt durch verschiedenen Erkrankungen, und, wo welche Gene im menschlichen Körper aktiv sind. Es können die molekularen Mechanismen analysiert werden, die die Produktion udn Aktivität der verschiedenen Zelltypen steuern sowie die identifiziert werden, die bei verschiedenen Zelltypen zusammenarbeiten, um Gewebe zu bilden.

Das Team hat ihre Methode schon an Hirngewebe von Mensch und Maus getestet. Die wurde zudem verwendet, um Krebszellen zu analysieren und Tumorzellen aus dem Gehirn und von der Haut zu vergleichen. Dabei haben die Forscher neue, bislang unbekannte Zelltypen gefunden, die mit der Metastasierung in Zusammenhang stehen.

Die Methode könnte helfen, den Human Cell Atlas zu entwickeln, ein globales Projekt, bei dem alle menschlichen Zelltypen und Zellstadien kartiert werden sollen.

Ihre Entwicklung haben sie in Nature Methods publiziert:
Aibar S, Bravo Gonzalez-Blas C, Moerman T, Wouters J, Huynh-Thu VA, Imrichova H, Kalender Atak Z, Hulselmans G, Dewaele M, Rambow F, Geurts P, Aerts J, Marine C, van den Oord J, Aerts S. (2017): SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods. 2017 Oct 9; Epub ahead of print. doi: 10.1038/nmeth.4463

Quelle und weitere Informationen:
https://sciencebusiness.net/network-news/computer-programme-detects-differences-between-human-cells
https://gbiomed.kuleuven.be/english/research/50000622/lcb/tools/scenic