Donnerstag, 21 Juli 2016 11:36

Open Access Software für die time-lapse-Mikroskopie-Auswertung Empfehlung

Wissenschaftler vom Helmholtz Zentrum München und der Technischen Universität München haben gemeinsam mit kollgen von der ETH Zürich eine Software entwickelt, die erlaubt, einzelne Zellen über Wochen zu beobachten und gleichzeitig molekulare Eigenschaften zu messen. Sie ist frei verfügbar und wurde nun in ‚Nature Biotechnology‘ vorgestellt.

Da sich einige Fragestellungen in der Zellbiologie nur durch die längerfristige Beobachtung einer Entwicklung erschließen, haben Forscher um Prof. Fabian Theis vom Institute of Computational Biology (ICB) am Helmholtz Zentrum München, gleichzeitig Inhaber des Lehrstuhls für Mathematische Modelle Biologischer Systeme der TU München, und Prof. Timm Schroeder vom Department of Biosystems Science and Engineering (D-BSSE) der ETH Zürich eine spezielle Software entwickelt, die weltweit für andere Forscher frei zugänglich ist. Es geht um ein spezielles Softwaretool, mit Filme der Time-lapse-Mikroskopie analysiert werden können.

Bei der time-lapse-Mikroskopie können dynamische zelluläre prozesse wie Zellentwicklung, Migration oder Apoptose über einen Zeitraum von bis zu 7 Tagen dargestellt werden. Aus sehr vielen mikroskopischen Einzelbildern wird ein Film gemacht, wodurch es zu einer quasi-kontinuierlichen Zellbeobachtung kommt. Für die Auswertung dieser Datenmenge haben die Forscher nur ein Tracking Tool zum Verfolgen von Einzelzellen in einer Zellkultur und ein Tool zur Quantifizierung von zellulären und molekularen Eigenschaften programmiert. Beide Tools zusammen ermöglichen dem Forscher die Messung von Eigenschaften wie etwa die Länge des Zellzyklus, die Expressionsdynamik
bestimmter Proteine oder Korrelationen dieser Eigenschaften zwischen Schwesterzellen, erklärte Prof. Schroeder in einer aktuellen Pressemitteilung.

Die Software ist kostenlos und kann auf der Website der ETH Zürich heruntergeladen werden: https://www.bsse.ethz.ch/csd/software/ttt-and-qtfy.html


Original-Publikation:
Hilsenbeck, O. & Schwarzfischer, M. & Skylaki S. et al. (2016): A software for single-cell quantification of cellular and molecular dynamics in long-term time-lapse microscopy, Nature Biotechnology, DOI: 10.1038/nbt.3626
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3626.html

Quelle:
https://idw-online.de/en/news656478